Dzisiejszy Kościół Pokoju to najstarsza świątynia we Frankfurcie. Znajdujący się w tym miejscu kościół parafialny pod wezwaniem św. Mikołaja, patrona kupców, jest wymieniany już w dokumencie z 1226 roku. W wyniku rozrastania się miasta w kierunku południowym, wytyczenia rynku, wzniesienia ratusza i budowy kościoła Mariackiego w drugiej połowie XIII wieku, kościół św. Mikołaja tracił stopniowo na znaczeniu. Po reformacji został w XVI wieku na pewien czas zsekularyzowany i był nawet wykorzystywany jako spichlerz. Jako kościół ewangelickiej parafi i św. Mikołaja, do której należeli głównie mieszkańcy Dammvorstadt (obecnie Słubice), służył od tego czasu kościół klasztoru franciszkanów, który przejął nazwę „kościół św. Mikołaja” (obecnie hala koncertowa im. Carla Philippa Emanuela Bacha).
Dopiero od XVII wieku z dawnego kościoła św. Mikołaja zaczęła korzystać wspólnota reformowana i francuska wspólnota hugenotów.
W latach 1880-1894 budynek został gruntownie przebudowany przez Friedricha Adlera i uzyskał obecną, neogotycką formę. W 1929 roku w pewnym sensie bezimienny kościół został przemianowany na Kościół Pokoju. Powody wyboru takiej właśnie nazwy pozostają nieznane. Ostatnie nabożeństwo odprawiono tu w 1974 roku; później kościół stał pusty, wykorzystywano go też tymczasowo jako magazyn mienia miejskiego.